熟茶的制作比生茶多了一道堆积发酵的步骤，也正是因为这一步，熟茶才引起争议。很多人把它简单理解为我们平时腌制的酸菜的发酵，从本质上讲，两者确实相似。两者都利用微生物的分解来获得具有独特口味的食物或饮料。根据专家的研究结果，煮熟的普洱茶其实和酱油、酸奶等发酵食品很相似，因为几乎所有的发酵食品都具有“三菌发酵”的天然共性，即细菌、酵母和 模具一起工作和发酵。
细菌多指乳酸菌等细菌，能利用可发酵的碳水化合物产生大量乳酸； 而酵母是一种真菌。 普通人对乳酸菌和酵母菌已经有了基本的了解，但对霉菌的误解最多。一提到霉菌，大家都会想到食物变质时发霉的场景，尤其是黄曲霉这种致癌的霉菌，更是让人反感。因此很多人自然而然地将霉菌归类为有害物质，只要含有霉菌，就一定不是什么好东西。其实这种想法有点片面，我们生活中经常看到的酱油、酸奶、酸菜等食物，也离不开霉菌的影响。酱油、酸奶等发酵食品是好东西。
霉菌是一种广泛存在于自然界的微生物，而黑曲霉在普洱熟茶的发酵过程中起着主要作用。黑曲霉是一种厌氧菌，在适宜的温度和湿度下能产生淀粉酶、糖化酶、柠檬酸、葡萄糖酸等物质。这些物质为后续的微生物发酵提供了营养基础，是普洱熟茶不可缺少的“灵魂”模具。然而黑曲霉不是有益微生物，如果它附着在米饭上，它会很快变质。
因此普洱熟茶的发酵过程需要人工控制，在堆积发酵的前期，黑曲霉分解有机大分子，产生各种营养物质，为后续发酵阶段提供必要的条件。下一阶段是“酶促发酵”，由于此阶段堆放的温度和湿度会下降，因此黑曲霉会失去活性，不会导致普洱熟茶变质、发霉。煮完茶，黑曲霉已经绝迹，品质完全没问题。
