茶树修剪打破了植株自然生长的生理平衡，对体内的物质代谢也会带来影响，这种影响主要从一些化学成分的变化上反映出来。
1、碳水化合物的变化 茶树的叶片是光合作用进行的场所，叶子进行光合作用积累的碳水化合物，除了供应根系、新梢生长所需，以及呼吸消耗之外，在茶树体内以淀粉粒的形态贮藏于根茎内部。由于修剪除去了一部分地上部枝叶，会出现一个植株无叶或少叶的时期，体内贮藏的碳水化合物相应地发生明显变化。修剪后地上部再生生长所需的物质，必须动用贮存养分，试验表明，经修剪的茶树根部淀粉含量与对照比较，普遍下降，下降值随修剪程度加深而增加。这一下降趋势在当年的生长过程中影响半年以上，只有在地上部分恢复长势后，新生枝叶有较多的光合产物积累时才能改变。碳水化合物量上的这一变化，不局限于根部，在被剪枝条的茎部也有相同的变化。
2、氨基酸含量的变化 氨基酸是茶树体内重要的含氮化合物，是茶树有机体新陈代谢强弱的重要标志之一，与成茶品质关系十分密切。茶树经修剪，伤口愈合、养分积累都受影响，氨基酸含量也下降，随着新生枝梢的生长，氨基酸含量逐渐回升，并超过修剪前水平。试验表明，修剪后的一段时间，茶树体内氨基酸的下降幅度较大，修剪后的第9天下降到最低水平，其中以谷氨酰胺和茶氨酸下降最为明显。从研究得知，茶氨酸的前期化合物是在叶片中形成，并从叶片转移到根部，在根部完成其生物合成，而后再从根部转移到正在生长的新梢顶端，修剪减少枝叶，势必减少氨基酸前期化合物的形成。此外修剪后地上部枝叶生长，也需要消耗一定量的氨基酸和含氮化合物，因而氨基酸含量在剪后初时下降。以后随着新梢的展叶，地上部茎叶的绿色面积逐渐扩大，光合能力不断增强，促进了机体生化代谢的进程，使氨基酸含量达到或超过修剪前的水平。
3、儿茶素含量的变化 一些研究表明，修剪后茶树新梢中儿茶素含量是下降的。儿茶素组分中D、L-GC含量上升，L-ECG含量降低比例小，酯型儿茶素下降幅度大。儿茶素是对茶叶品质影响很大的一种化学成分，修剪之后其含量的变化，会直接影响到成茶的品质，如在红茶制造过程中会出现发酵困难，对芳香物质的形成也会带来一定的影响，但这些情况都是暂时的，并可以通过其他措施来加以改变。
除了上述主要化学成分的变化之外，修剪后茶树新梢中的水分、水浸出物、营养元素均上升，灰分下降，这表明修剪后茶树新梢的生理活性提高，持嫩性提高，对茶叶产量和品质都有十分重要的影响。了解修剪对茶树主要化学物质的影响，实际生产中做到科学合理的采留，对提高产量、提升品质具有十分重要的指导意义。
