正山小种与人工小种合称为小种红茶，红茶在六大茶类中属于全发酵茶。正山小种喝起来苦涩有点酸，首先可能与制作工艺上面的缺陷有关。当发酵没有控制好，正山小种的茶汤就会发酸。正宗桐木关小种的甜爽口感是发酵适中的结果，发酵不到位时会有青味，有苦涩感，发酵过头了则会喝着较酸。
红茶的发酵其实是内部多酚类物质的氧化过程，茶青鲜叶细胞组织在发酵过程中受到损伤后，具有涩味的多酚类物质的含量会减少，具有特殊香气以及形成有色物质、增加茶汤甜度和稠滑程度的茶黄素、茶红素、水溶性果胶、可溶性单糖等物质的含量会增多，从而影响到茶叶的色香味发生改变。
其次，在发酵过后的烘干工序上，正山小种茶叶内部的含水量需控制在7%以下。若水分过高，红茶在堆起来的时候会经历又一次的发酵，这就容易导致茶叶发酵过了头，从而产生酸味。同样地，若是在茶叶的贮藏环节导致受潮，造成再次发酵，正山小种的茶汤也会带酸。
总之，如果不是制作工艺合格且保存得当的正山小种红茶，在过度发酵的情况下，冲泡出来的茶汤喝起来会有酸味。最后，冲泡不当也会导致正山小种喝起来苦涩或有点酸，比如投茶量过多、前几泡便开始坐杯等等。冲泡正山小种茶，也需要注重泡茶技巧。
真正的正山小种红茶经受得住100度沸水的冲泡，水温最低也应该是90度，否则茶叶中的内含物质很难析出。正山小种红茶不适合长时间的浸泡，洗茶后的第一泡需要秒出水，以5秒内出水为宜，否则茶的香气与味道就会受到破坏。后面几泡也不宜超过30秒，直到茶汤的滋味明显变淡，方可开始坐杯，延缓出汤。
那么，正山小种发酸有害吗?对于正山小种的酸，需要区别以待。对于味蕾敏感的人来说，轻微的酸味也会影响茶汤的滋味体验。而对于其他人来说，这种酸味可能会带来诱人的风味，使茶汤能感受到的层次更加丰富与多样，从而增加喝茶的滋味体验。
只要不是存放不当引起的茶叶受潮、发酸，这种正山小种并不会对人体带来什么危害，只是会降低喝茶的舒适体验。一款品质上等的正山小种红茶，头泡喝着可能有些青味，但之后不会有苦涩味或酸味，而是带有花香，同时叶底也无半分杂味，闻起来香气舒服。
但要是品质不好、工艺不精、假冒伪劣的正山小种红茶，喝起来也许会有酸味，叶底闻起来也会带有酸涩味甚至酸馊味。而一旦茶叶受潮变质导致的带酸味，这种正山小种就不能再喝了，喝多了变质茶会吸收大量有害的细菌、毒素，引起腹痛、腹泻、头晕等症状。
