普洱茶有分生茶与熟茶两大类，而生茶是未经发酵直接制作而成的，但熟茶是经渥堆发酵而成的。在这发酵的过程中就会有微生物的产生，而这些微生物就会改变其茶叶中的成分，导致生茶熟茶之间的差别，而普洱茶甘甜、醇厚的味道也依赖于这些微生物。可以这么说，没有微生物就没有普洱茶。有益的微生物对人体的作用表现在普洱茶上主要有两方面：第一是形成普洱茶良好品质的特征，甘滑、醇厚和陈香等特点，;第二是代谢有益物质于普洱茶中增强普洱茶保健功效，形成茶类中的特色茶。
青霉素。
在普洱茶渥堆过程中青霉产生多种酶类及有机酸，同时，产黄青霉代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌可能有良好的消除和抑制生长作用。青霉素是很常用的抗菌药品。
黑曲霉。
黑曲霉是一种低等真核生物，作为世界公认的安全可食用性，在工业生产和学术研讨中占有重要的地位。作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，研究其生命周期及其代谢产物变化有着重要意义。在普洱茶大生产发酵渥堆过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以生产胞内、胞外两类霉，有20种左右的水解霉，其中葡萄糖淀粉酶、纤维素酶和果胶酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和非可溶性化合物等有机物。
根霉菌。
根霉菌的淀粉酶活力较高，能产生有机酸，还产生芳香的酯类物质，但由于分泌果胶酶能力强，普洱茶在渥堆中茶叶软化也与该霉滋生有关。在渥堆中的每个阶段，控制好适当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
灰绿曲霉。
该菌种会使食品腐烂变质。生产中应尽量避免菌群的滋生。经试验可知，在大生产中出现得较多，而模拟、灭菌渥堆试验加工的普洱茶中出现的很少，后期消失。因此，控制堆温、改善制茶环境卫生有利于纯正普洱茶品质的形成。
酵母。
酵母属是普洱茶品质形成的重要菌种。在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动创造了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。加之霉菌能利用各种多糖作为碳源进行糖代谢，并产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁殖。当提供有利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为香甜、醇滑的特点。
细菌。
在普洱茶渥堆过程中，细菌数目极少，没有发现致病细菌，这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制细菌的生长。同时，国内外研究表明，茶叶中的茶多酚也能抑制对人或动物有致病性的细菌的生长繁殖。
