凡是发酵食品，其每一个产品都有自己的一套发酵体系。普洱茶也不例外，但它更具自身的特色，堪称发酵食品中的“一绝”。
普洱茶的发酵由三大部分组成：初级发酵、准发酵(也可称二次发酵)、后续发酵。
初级发酵是在晒青毛茶过程中，通过特殊环境中微生物菌群自然接种完成，它是在普洱茶进入准发酵前，对茶叶的预处理。
由于它具有微生物菌群的“干预”，加之晒青过程对茶菁有较大改变，已具备发酵的特质，故称之谓初级发酵。
准发酵包括两个部分，一是自然发酵(普洱生茶)，是历史上流传下来的传统工艺，是将晒青毛茶经过蒸压成固态形状，有团、饼、沱、砖等形状；
二是人工发酵(普洱熟茶)，是现代发明的新工艺，是将晒青毛茶通过“渥堆”发酵的方法快速发酵，再蒸压成固态形状——团、饼、沱、砖。
渥堆是决定普洱茶品质的关键工序，是一个微生物分泌胞外酶催化和非酶性湿热氧化的缓慢过程。
从形成机理上来说，红茶发酵和普洱茶发酵（渥堆）是不一样的。
红茶发酵是由茶叶内源酶促作用和偶联氧化聚合作用形成的，而普洱茶是在鲜叶经过杀青干燥后，茶叶的内源酶活性已被钝化。
普洱熟茶形成的实质是以云南大叶种晒青毛茶的内含成分为基础，外源水体微生物群，发酵场地微生物群晒青毛料自带微生物群在一定的湿度温度条件下在茶叶上生长更替，以微生物活动为中心的普洱茶渥堆；
在渥堆过程中滋养以酵母，黑曲霉，根酶，灰绿曲霉乳酸菌等主要微生物生长并分泌产生的胞外酶进行酶促催化反应，同时，微生物呼吸代谢产生的热量与茶叶水分共同产生的湿热作用，促进茶叶内含物质的化学变化。
在渥堆中。通过微生物、热、微生物自身的物质代谢和酶等共同作用，促进茶叶内含物质发生极为复杂的变化(氧化、降解、分解、转化、聚合、缩合)塑造普洱茶特有品质风味。
普洱茶的渥堆属于食品加工的固态发酵工艺。广义上:讲说固态发酵是指类使用不各性固体甚质来培养微生物的过程，既包括将固态悬浮在液体中的深层发酵。也包括在没有(或几乎没有)游离水的湿固体材料上培养微生物的工艺过程。
多数情况下是指在没有或几乎没有自由水存在下，在有一定湿度的水不溶性固态基质中，用一种或多种微生物发酵的生物反应过程。
狭义上讲固态发酵是指利用自然底物做碳源及能源，或利用惰性底物做固体支持物，其体系无水或接近于无水的任何发酵过程。
CB/T2111-2008《地理标志产品普洱茶》中对后发酵(包括熟普的渥堆)的定义:云南大叶种晒青茶在特定的环境条件下，经微生物、酶、湿热、氧化等综合作用，其内含物质发生一系列转化，而形成普洱茶(熟茶)独有品质特征的过程。
从目前研究结果看，渥堆普洱茶品质形成的本质可表述为：以云南大叶种普洱茶原料(晒青)的内含成分为基础，在后发酵过程中微生物代谢产生的酶、热及治热作用使其内含物质发生氧化、聚合、缩合、分解、降解等一系列反应，从而形且分普洱熟茶特有的品质风格。
普洱熟茶品质的形成主要有三个方面的作用：是微生物作用，二是酶作用，三是湿热作用。
无论是普洱生茶还是普洱熟茶都有“年份”的要求，都需要后续发酵，确定普洱茶最佳品饮时间及品质，只是要求时间不同罢了。
虽然普洱熟茶具有较明显的即饮性特点，但存放三年以上的熟普洱与新出堆(指渥堆)的熟普洱其品质、口感差距仍然很大。
后续发酵也是我们俗称的“后发酵”。它是普洱茶在紧压成团饼、沱、砖等形态后，进入固态发酵最后一个过程——品质再造。
这个过程与前两个发酵过程不同，如果说前两个过程是在普洱茶制作者或企业完成的话，那么最后的一个过程，则是由存茶者完成的。
普洱茶自古就有“存茶一说”，存茶并不是摆着好看，或者因为它是“稀缺资源”。而是“存茶者”依据对普洱茶的理解，通过存储中温度与湿度等诸多因素的把握，总结出一套或若干套的方法，将普洱茶“锻造”出更优异的茶品，准确地说，是品质再造的一个过程，更是一个“丑小鸭”向“白天鹅”转变的过程。
很多“存茶者”与云南的茶山，以及生产普洱茶的企业有很深的渊源，而且存茶过程的诸多经验，如干仓、湿仓之说等等，都付诸了“存茶者”大量的实践与智慧。这种关系实际上是一种“互动”关系，是其它茶类很难看到的。
应当说，传统普洱茶制作工艺不仅仅是云南普洱茶制作者及生产企业的独创，更多地体现的是一种“群体智慧”。这种“互动”的关系，唯普洱茶界独有，也是普洱茶独特价值的体现。
