普洱茶是发酵的产物，离不开微生物种群的参与。研究表明，在普洱茶的品质形成中微生物起了重要作用。可以这么说，没有微生物就没有普洱茶。我们知道，有益的微生物对人体的作用表现在普洱茶上主要有两方面：第一是形成普洱茶良好品质特征，甘滑、醇厚和陈香等特点；第二是代谢有益物质于普洱茶中增强普洱茶保健功效，形成茶类中的特色茶。
云南普洱茶渥堆过程中的主要微生物有黑曲霉、青霉属、根霉属、灰绿曲霉、酵母属、细菌类。细菌数目极少，没有发现致病细菌。这些微生物中，如黑曲霉、酵母菌、根霉在不同的环境条件下或加工过程中优势菌群在不同的阶段的作用，最终形成了目前现行厂家不同的多样性普洱茶。
微生物：微生物在后发酵过程中所引起的各种化学作用，对茶叶质量影响很大，有利有弊。整个渥堆变色和湿热过程中主要微生物有：
（1）细菌属（bacterium）
在渥堆湿热过程中，细菌数量极少，主要包括乳酸菌（lactobacillus）、梭状芽胞杆菌（clostridium）、腐生菌和醋酸菌（acetobacter），过程中各种微生物竞相生长，初期好氧菌－醋酸菌和腐败菌生长竞争，醋酸菌分泌醋酸可以帮助环境酸化，且造成厌氧环境有效的抑制不耐酸腐败菌生长，后期厌氧菌－乳酸菌和梭状芽胞杆菌竞争生长，厌氧条件形成后，乳酸菌迅速繁殖形成优势，分泌大量乳酸，PH急遽下降，当下降到4以下时，除了少量酵母菌存活下来外，其它细菌尤其致病性细菌，都不能再生长活动（大多数细菌最适合生长的PH值是7左右，同时，茶叶中的茶多酚也能抑制致病性细菌的生长）。
（2）酵母属（saccharomyces）
酵母菌属真菌门，酵母菌的体型明显大于一般细菌。真菌大多是多细胞生物，只有少数，如酵母菌是单细胞且通常呈椭圆形，具有一个明显的细胞核及大型的液泡。酵母菌行无性生殖，细胞的一端会产生一个小突起，状如长芽，因此称出芽生殖。能利用糖类进行繁殖，产生维他命B1、B2、维他命C，且酵母菌本身除了含高吸收力的微量元素外，还可提供相当数量的蛋白质、必需氨基酸及丰富的维他命、酶等重要因子。在渥堆湿热的后期，随着氧气的减少，乳酸菌的繁殖累积，酵母菌也会受到抑制。
酵母属是普洱茶品质形成的重要菌种。在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动创造了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。加之霉菌能利用各种多糖作为碳源进行糖代谢，并产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁殖。当提供有利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为香甜、醇滑的特点。可见，普洱茶甘甜、醇厚品质特点的形成直接与酵母菌消长相关。也就是说，普洱茶所表现出的陈香、醇、甘、滑等品质特点与发酵过程中的优势菌种是分不开的。
（3）黑曲霉（aspergillusniger）
是一种低等真核生物，属半知菌亚门（deutermycotina），为目前世界公认安全可食用的。在食品工业生产及学术研究占有其重要地位。渥堆湿热过程中，黑曲霉始终处于优势地位，黑曲霉具有多种活性强大的酶素，可以分泌各种胞内胞外酶，包括：纤维素酶、淀粉酶、果胶酶、葡萄糖氧化酶、蛋白酶。可分解纤维素、淀粉、果胶、蛋白质，和可溶性化合物为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出扩散，为增强茶汤的滋味和形成甘滑醇厚的质量奠定基础，还能产生多种有机酸如：抗坏血酸、柠檬酸、葡萄糖酸、没食子酸等。
黑曲霉是一种低等真核生物，作为世界公认的安全可食用性，在工业生产和学术研讨中占有重要的地位。作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，研究其生命周期极其代谢产物变化有着重要意义。
在普洱茶大生产发酵渥堆过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以生产胞内、胞外两类霉，有20种左右的水解霉，其中葡萄糖淀粉酶、纤维素酶和果胶酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和非可溶性化合物等有机物。水解产物大多为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出、扩散，为增强茶汤的滋味和形成普洱茶干滑、醇厚的品质特色奠定了坚实的物质基础。所以说，在普洱茶发酵过程中黑曲霉代谢产生的有机酸和酶对普洱茶品质的形成有着重要的作用。并且在普洱茶渥堆过程中黑曲霉始终是以优势菌群作用于普洱茶。
（4）灰绿曲霉（aspergillusglaucus）
属半知菌亚门（deutermycotina），在湿润的茶叶上，常生绿色分生孢子丛，菌丝有分隔，无色无特殊气味，菌丛由绿色逐渐泛灰绿色。在干燥茶饼上则生成黄色子囊果，一般绿茶上看到的黄霉就是由此霉产生的。
该菌种会使食品腐烂变质。生产中应尽量避免菌群的滋生。经试验可知，在大生产中出现得较多，而模拟、灭菌渥堆试验加工的普洱茶中出现的很少，后期消失。因此，控制堆温、改善制茶环境卫生有利于纯正普洱茶品质的形成。
（5）根霉属（rhizopus）
属接合菌亚门（zygomycotina），是目前除了细菌以外，菌丝体（mycellum）中可以产生L-乳酸的另一个重要菌种。特别是在长时间的渥堆湿热中，繁殖茂盛可以作为淀粉糖化菌，淀粉酶的活性高，且能产生有机酸，如反丁烯二酸、乳酸、琥珀酸等，转化产生芳香酯类物质，对质量有利。
根霉菌的淀粉酶活力较高，能产生有机酸，还产生芳香的酯类物质，但由于分泌果胶酶能力强，普洱茶在渥堆中茶叶软化也与该霉滋生有关。在渥堆中的每个阶段，控制好适当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
（6）青霉属（penicillium）
属半知菌亚门（deuteromycotina），青霉常产生白色菌丝，其表面生灰绿色孢子，气味差，大多数只具有无性生殖，仅少数有有性生殖，发育需要的湿度不高，但空气需充足，此霉在干燥环境下无法生存。可分泌纤维素酶、葡萄糖氧化酶生成有机酸（柠檬酸和抗坏血酸）。其中，产黄青霉（p.chrysogenum）代谢可产生青霉素对杂菌、腐生菌有良好的消除和抑制生长作用，对茶叶的质量有益。
在普洱茶渥堆过程中青霉产生多种酶类及有机酸，同时，产黄青霉代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌可能有良好的消除和抑制生长作用。因此，我们认为产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅助作用。
微生物生命活动和代谢产物是普洱茶形成的重要因子。在渥堆的过程中，由于湿热作用为微生物的活动和代谢创造了良好的条件，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源，加强了酶系活动。又因霉菌能利用各种多糖作为碳源，进行糖代谢，产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁衍，酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了细菌的生长。同时，这些微生物所分泌的酶对茶叶内含成分进行了各种各样的转化作用。由此可见，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活顺、陈香等品质特点与黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆中主从优势有密切的关系。
总之，在微生物作用、酶促作用和湿热作用下，茶多酚的氧化、缩合，蛋白质和氨基酸的分解、降解，碳水化合物的消耗与分解以及各产物之间的聚合、缩合等一系列反应，使得色泽黄绿、滋味纯正尚涩、香气清鲜纯正的晒青毛茶转变为色泽红褐、滋味纯正回甘、香气陈醇的普洱茶。所以，微生物是云南普洱茶品质形成中起决定性作用的重要因子。这也是科学地证实了普洱茶独特品质形成和独特的保健功效与微生物是分不开的。
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